新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其基本做法是，自愿参加合作医疗的农民，以家庭为单位按每人每年10元（部分东、中部地区稍高）缴到乡财税所或乡镇卫生院，再由上述单位及时上缴县财政局，纳入合作医疗基金财政专用帐户，同各级政府每年每人补助的20元一起形成合作医疗基金，存放在由县级以上新型农村合作医疗管理委员会确定的国有商业银行或农村信用社管理。
    参加合作医疗的农民每次到县（市）内定点医疗机构就诊时，可直接报销部分医药费用。定点医疗机构定期将为农民直接报销所支付的资金数额以及相关凭据抱到县（市）或乡（镇）新型农村合作医疗经办机构，经县级经办机构和财政部门分别审核后，由代理银行或信用社直接将资金转入有关医疗机构的银行帐户，做到新型农村合作医疗基金收支分离，管用分开，封闭运行。